Родился 29 ноября 1769 года в Санкт-Петербурге в семье чиновника дворцовой канцелярии. Рано лишившись родителей, с помощью родственников получил воспитание и образование в лучших петербургских пансионах, был записан по-тогдашнему обычаю, принятому в дворянских семьях, на военную службу сначала сержантом в лейб-гвардии Преображенский, затем в Измайловский полк.
В 1799 году участвует в Итальянском и Швейцарском походах под командованием генерал-фельдмаршала А.В. Суворова. Был отмечен орденом Св. Анны 2-й степени за отличия «при разбитии многочисленного неприятеля при реках Тидоне, Треббии и Нуро», знаком того же ордена, алмазами украшенным, «за оказанную храбрость» в бою при г. Нови, а также орденом Св. Иоанна Иерусалимского. В ноябре того же года произведён в генерал-майоры.
В июле 1811 года назначен инспектором внутренней стражи, занялся организацией и устройством нового войска.
Во время Отечественной войны 1812 года содействовал формированию государственного ополчения и резервных полков, для этой цели были выделены окружные генералы, офицеры и нижние чины внутренней стражи.
Вместе с подчинёнными организовал поставку лошадей в действующую армию. Под его руководством внутренняя стража обеспечивала «тишину и спокойствие» в империи. В связи с созданием в 1816 году Отдельного корпуса внутренней стражи назначается его командиром. В том же году производится в генерал-лейтенанты.
Граф Е.Ф. Комаровский награждён семью отечественными орденами и одним иностранным, бронзовой медалью в память 1812 года
Выдержки из книги «Записки графа Е.Ф. Комаровского».
Я родился 1769 года 18 ноября в Петербурге, на Песках. Батюшка мой, Федот Афанасьевич, служил тогда в дворцовой канцелярии. Батюшка скоро потом вышел в отставку и переехал на жительство в Ухотскую волость, где он купил до 100 душ крестьян. Матушка моя, Ульяна Ивановна, урожденная Зиновьева, скончалась в 1770 году августа 17-го, 38-ми лет. Я остался после моей родительницы 10-ти месяцев.
Первый мой учитель был упраздненный священник, а второй – отставной офицер. 1776 года ноября 26-го скончался мой родитель 48-ми лет от роду, и я остался круглым сиротою по 8-му году.
После батюшкиной кончины учреждена была опека – из родного дяди моего, Ивана Афанасьевича Комаровского, брата мачехи, Дмитрия Степановича Рындина, и зятя моего А.Н. Астафьева. А.Н. имел обо мне попечение самого нежного отца; он немедленно занялся тем, чтобы отдать меня в лучший тогда в Петербурге пансион г-на Девильнева, и записал меня по тогдашнему обыкновению в службу, и я записан был в Преображенский полк сержантом сверх комплекта; а потом я переведен был в Измайловский полк тем же чином в комплект. После смерти Девильнева перевели меня в пансион г-жи Ленк, потом к г-ну Массону. Я поступил от Массона в кадетскую роту Измайловского полка.
В 1787 году назначен я был находиться при графе Безбородке для курьерских посылок в чужие края во время путешествия императрицы Екатерины в Киев и Крым. В числе чиновников, составлявших свиту ее величества, находился советник придворной конторы В.П. Головцын; он был весьма дружен с батюшкой и любил меня, как сына. В предстоящий путь он взял меня с собою в кибитку, и я сделал путешествие от Царского Села до Киева самым приятным образом…